Research groups

Grupo: Genomics in Plant Breeding

El grupo de Marcadores Moleculares del IBMCP se fundó en otoño de 2008, tras varias estancias en diversos centros de investigación como el IVIA; la Universidad de Cornell y el IRTA (actualmente integrado en el CRAG).

El principal objetivo es la aplicación de la genómica para la disección de genes o de QTLs implicados en caracteres de calidad de fruto en especies de interés agronómico, fundamentalmente hortícolas.   Nuestro cuerpo teórico se entronca en la genética de poblaciones, genética cuantitativa, evolución y teoría de la mejora que integramos con la agronomía, biología molecular y genómica. Pretendemos generar conocimiento y herramientas que sean útiles para el desarrollo de nuevos cultivares que respondan a las necesidades actuales del sector, así como, conocimiento básico para comprender mejor las bases genéticas y, en última instancia, moleculares, de la variación fenotípica de los caracteres de fruto.

Utilizamos marcadores moleculares, genotipado de alto rendimiento,  mapas genéticos, análisis de QTLs y desarrollo de líneas de introgresión o QTL-NILs, con un énfasis especial en el descubrimiento de nueva variabilidad genética a partir de especies silvestres o germoplasma no adaptado.

INTERÉS

Las variedades actuales son producto del proceso de selección realizado por los agricultores durante muchos siglos. Una de las consecuencias es que la variabilidad genética dentro de las especies cultivadas se ha reducido notablemente. Sin embargo todavía existe un gran potencial en la variabilidad genética que se encuentra en las especies silvestres relacionadas. 

Nuestro principal interés es descubrir variabilidad genética "oculta" en especies silvestres que pueda incorporarse en las variedades actuales para proporcionarles nuevas características que demandan tanto la industria como los consumidores: mayor productividad, resistencia a enfermedades y estreses abióticos, calidad nutricional, comportamiento poscosecha.

Por un lado hay un enfoque práctico, pero también queremos aprovechar para estudiar las bases genéticas de estos caracteres combinando la genética cuantitativa y la genómica.

LINEAS DE INVESTIGACIÓN

Las líneas actuales de investigación son:

  1. Estudio del desequilibrio de ligamiento en colecciones de germoplasma de melón. El desequilibrio de ligamiento es una medida de la evolución estructural de los genomas y es un conocimiento previo necesario para implementar estrategias de genética de asociación.
  2. Caracterización de QTLs implicados en la morfología del fruto y en la domesticación de melón. Las variedades de melón presentan una alta variabilidad en forma y tamaño de sus frutos. Hemos localizado varios QTLs implicados en la forma y tamaño del fruto y estamos caracterizándoles para comprender mejor las bases genéticas de éste carácter. Paralelamente, el melón se ha desarrollado a partir de ancestros silvestres que producen frutos muy pequeños sin pulpa comestible. Estamos identificando  los genes responsables de la transformación del melón silvestre en las variedades actuales.
  3. Generación de líneas de introgresión en tomate a partir de Solanum. pimpinellifolium. Para facilitar el aprovechamiento de la variabilidad genética incluida en S. pimpinellifolium, estamos desarrollando una genoteca de líneas de introgresión a partir de esta especie silvestre.
Genómica en Mejora Vegetal

Staff Researchers

Other Group Members

Temporary Visitors

Cristina Esteras. Estera Gómez, Profesora Ayudante Doctor. UPV. Equipo investigación proyectos cucurbitáceas María Ferriol Molina, Profesora Titular Universidad. UPV. Equipo investigación proyectos cucurbitáceas. Pablo Sipowicz. Tesis Fin de Máster Gonçalo da Silva. Tesis Fin de Máster
  • Guangwei Zhao, Qun Lian, Zhonghua Zhang, Qiushi Fu, Yuhua He, Shuangwu Ma, Valentino Ruggieri, Antonio J. Monforte, Pingyong Wang, Irene Julca, Huaisong Wang, Junpu Liu, Yong Xu, Runze Wang, Jiabing Ji, Zhihong Xu, Weihu Kong, Yang Zhong, Jianli Shang, Lara Pereira, Jason Argyris, Jian Zhang, Carlos Mayobre, Marta Pujol, Elad Oren, Diandian Ou, Jiming Wang, Dexi Sun, Shengjie Zhao, Yingchun Zhu, Na Li, Nurit Katzir, Amit Gur, Catherine Dogimont, Hanno Schaefer, Wei Fan, Abdelhafid Bendahmane, Zhangjun Fei, Michel Pitrat, Toni Gabaldón, Tao Lin, Jordi Garcia-Mas, Yongyang Xu & Sanwen Huang (2019)
    A comprehensive genome variation map of melon identifies multiple domestication events and loci influencing agronomic traits
    Nat Genet 51, 1607–1615
  • Pérez-de-Castro A, Esteras C, Alfaro-Fernández A, Daròs JA, Monforte AJ, Picó B. & Gómez-Guillamón ML (2019)
    Fine mapping of wmv1551, a resistance gene to Watermelon mosaic virus in melon
    Mol Breeding 39:93
  • Castro A, Perpiñá G, Monforte AJ, Picó B, Esteras C (2019)
    New melon introgression lines in a Piel de Sapo genetic background with desirable agronomical traits from dudaim melons
    Euphytica 215: 169
  • Gonzalo MJ, Díaz A, Dhillon NPS, Reddy UK, Picó B, Monforte AJ (2019)
    Re-evaluation of the role of Indian germplasm as center of melon diversification based on genotyping-by-sequencing analysis
    BMC Genomics 20:448
  • Pascual L, Yan J, Pujol M, Monforte AJ, Picó B, Martín-Hernández AM (2019)
    VPS41 Is a General Gatekeeper for Resistance to Cucumber Mosaic Virus Phloem Entry in Melon
    Frontiers in Plant Science 10: 1219
  • Wu S, Zhang B, Keyhaninejad N, Rodríguez GR, Kim HJ, Chakrabarti M, Illa-Berenguer E, Taitano NK, Gonzalo MJ, Díaz A, Pan Y, Leisner CP, Halterman D, Buell CR, Weng Y, Jansky SH, van Eck H, Willemsen J, Monforte AJ, Meulia T, van der Knaap E (2018)
    A common genetic mechanism underlies morphological diversity in fruits and other plant organs.
    Nature Communications 9:4734
  • Endl, J., E. G. Achigan-Dako, A. K. Pandey, A. J. Monforte, B. Pico, and H. Schaefer (2018)
    Repeated domestication of melon (Cucumis melo) in Africa and Asia and a new close relative from India. American
    Journal of Botany 105: 1–10
  • Zuriaga E, Romero C, Blanca JM, Badenes ML (2018)
    Resistance to Plum Pox Virus (PPV) in apricot (Prunus armeniaca L.) is associated with down-regulation of two MATHd genes
    BMC Plant Biology 18: 25
  • Tieman D, Zhu GT, Resende MFR, Lin T, Taylor M, Zhang B, Ikeda H, Liu ZY, Fisher J, Zemach I, Monforte A, Zamir D, Granell A, Kirst M, Huang S, Klee H, Nguyen C, Bies D, Rambla JL, Beltran KSO (2017)
    A chemical genetic roadmap to improved tomato flavor.
    Science 355, 391-394
  • Perpina G, Cebolla-Cornejo J, Esteras C, Monforte AJ, Pico B. (2017)
    'MAK-10': A Long Shelf-life Charentais Breeding Line Developed by Introgression of a Genomic Region from Makuwa Melon
    Hortscience 52, 1633-1638
. (2016)
.
.
Entidad financiadora: 
EUROPEAN COMMISSION Horizon 2020 - Research and Innovation Framework Programme
IP: 
Antonio Granell
Entidad financiadora: 
MINECO
IP: 
Antonio J. Monforte
Entidad financiadora: 
EU (Plant-KBBE)
IP: 
Daniele Hosemans (Coordinador Internacional) . Antonio J Monforte (CSIC).
Entidad financiadora: 
Programa bilteral CSIC.
IP: 
Antonio J Monforte
Entidad financiadora: 
MCINN.
IP: 
Antonio J. Monforte
Entidad financiadora: 
FECYT
IP: 
Antonio J. Monforte y Antonio Granell
Entidad financiadora: 
MCINN
IP: 
Antonio Granell
Entidad financiadora: 
Semillas Arnerdo SA.
IP: 
Fernando Nuez
Entidad financiadora: 
Genoma España
IP: 
Pere Puigdomenech
Desarrollo de variedades de melón por intercruzamientos y aplicación de marcadores moleculares 01/01/2013-01/07/2016
Entidad financiadora: 
Inveseed S.L.U.
IP: 
Antonio Monforte
Caracterización molecular de proteínas floemáticas asociadas al transporte sistémico de RNAs endógenos y patogénicos en miembros de la familia Cucurbitaceae 01/01/2012 to:31/12/ 2012
Entidad financiadora: 
UPV
IP: 
Maria José Díez
EL TRANSPORTE POR EL FLOEMA, UNA NUEVA HERRAMIENTA PARA MEJORA
Entidad financiadora: 
Universidad Politécnica de Valencia
IP: 
Belén Picó
A holistic multi-actor approach towards the design of new tomato varieties and management practices to improve yield and quality in the face of climate change. TomGEM 01/04/2016 to: 31/03/2019
Entidad financiadora: 
European Commission. SFS-05-2015: Strategies for crop productivity, stability and quality
IP: 
Monder Bouzayen
Evolución y diversificación en Cucumis. Genetica de la domesticacion, morfologia de fruto y barreras reproductivas 01/01/2016 to: 31/12/2018
Entidad financiadora: 
MINECO
IP: 
Antonio J. Monforte Gilabert. y Carlos Romero Salvador
High resolution mapping of a locus in chromosome 4 causing distorted segregation in tomato
Año: 
2016
Nombre: 
Dorra Fakhet
Universidad: 
Universidad de Lérida
Dirigida por: 
Monforte Antonio; Pons, Clara
Tipo: 
Tesis de Master
Varificación y caracterización de un Quantitative Trait Locus (QTL) potencialmente implicado en la domesticación de melón
Año: 
2015
Nombre: 
Juan Luis Reig
Universidad: 
Universidad Poitécnica de Valencia
Dirigida por: 
Monforte, Antonio: Díaz, Aurora
Tipo: 
Tesis de Master
Caracterización de QTLs implicados en calidad de fruto mediante herramientas genéticas y genómicas
Año: 
2014
Nombre: 
Juan Vegas
Universidad: 
Universidad de Autónoma de Barcelona
Dirigida por: 
Monforte, A; Garcia-Mas, J
Tipo: 
Tesis Doctorales
Caracterización de la calidad del fruto asociada al carácter climatérico en líneas casi iso-génicas de melón
Año: 
2014
Nombre: 
Noelia dos Santos Carrillo
Universidad: 
Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos
Dirigida por: 
Monforte A; Fernandez-Trujillo Juan Pablo
Tipo: 
Tesis Doctorales
Desarrollo de una genoteca de líneas de introgresión entre Solanum lycopersicum y Solanum pimpinellifolium utilizando herrramientas genomicas de alto rendimiento y detección de QTLs implicados en calidad de fruto
Año: 
2014
Nombre: 
Walter Barrantes
Universidad: 
Universidad de Politécnica de Valencia
Dirigida por: 
Monforte, Antonio; Granell, Antonio
Tipo: 
Tesis Doctorales
Cartografiado de QTLs y genes candidatos asociados a metabolitos determinantes de la calidad de fruto en melocotón
Año: 
2013
Nombre: 
Gerardo Sánchez
Universidad: 
Universidad de Politécnica de Valencia
Dirigida por: 
Monforte, Antonio: Gadenes, Maria Luisa; Granell, Antonio
Tipo: 
Tesis Doctorales
Mapping and validation of QTLs associated with fruit shape in melon (Cucumis melo L.) by selective genotyping
Año: 
2010
Nombre: 
Belkacem Zarouri
Universidad: 
Universidad de Lérida
Dirigida por: 
Mofnorte; Antonio
Tipo: 
Tesis de Master
Desarrollo de un mapa de alta densidad con marcadores microsatélites en melón (Cucumis melo L.) y estudio de QTLs implicados en la forma del fruto
Año: 
2008
Nombre: 
Fernández Silva, Iria
Universidad: 
Universidad de Lérida
Dirigida por: 
Monforte, Antonio
Tipo: 
Tesis Doctorales
Desarrollo de una genoteca de líneas casi-isogénicas (NILs) en melón y estudio de caracteres de calidad de fruto
Año: 
2005
Nombre: 
Eduardo Muñoz, Iban
Universidad: 
Universidad Autónoma de Barcelona
Dirigida por: 
Monforte, Antonio
Tipo: 
Tesis Doctorales
Generación, caracterización molecular y evaluación morfológica de una población de líneas dihaploides en melón (Cucumis melo L.)
Año: 
2003
Nombre: 
Gonzalo Pascual, Maria José
Universidad: 
Universidad de Lérida
Dirigida por: 
Monforte, Antonio
Tipo: 
Tesis Doctorales